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    DNA復制的藝術:PCR技術的演變史

    發(fā)布時間: 2024-03-01  點擊次數: 418次

    按照PCR技術的演進,我們可以將PCR技術大致劃分為三代:傳統PCR技術,實時熒光定量PCR技術和數字PCR技術。

    第一代:傳統PCR技術

    聚合酶鏈式反應(PCR)的基本原理是利用DNA聚合酶在特定條件下復制特定DNA片段,通過反復的循環(huán),這個特定的DNA片段可以被大量復制或放大。PCR過程主要包括以下三個步驟:

    • 變性(Denaturation)在高溫(通常為94-96°C)下,DNA雙鏈被分離成兩條單鏈。這是因為DNA雙鏈之間的氫鍵在高溫下會斷裂。

    • 退火(Annealing)降低溫度(通常在50-65°C),使得人工合成的、與目標DNA序列互補的短DNA片段(即引物)能夠與分離后的DNA單鏈結合。

    • 延伸(Extension)高溫度(通常為72°C),DNA聚合酶開始在引物的末端添加相應的核苷酸,以此按照DNA的互補配對原則復制DNA。

    這種“變性—退火—延伸"就是一個PCR循環(huán),每個循環(huán)都會使目標 DNA 序列的數量翻倍。使得DNA片段在短時間內能以2n倍進行擴增,這樣就可以生成數百萬到數十億份的目標 DNA 序列。PCR的反應流程大致如下:

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    傳統的PCR技術通常試管內進行,這個過程通常被反復進行30-40次,每次循環(huán)都會使目標DNA序列的數量翻倍。這樣,即使開始時只有極少量的目標DNA,也可以在幾個小時內得到足夠數量的DNA片段。并且需要人工改變每個循環(huán)的溫度變化,過程耗時且容易出錯。

    然而,傳統的PCR技術也有一些局限性。例如,它不能提供關于目標DNA數量的實時信息,也不能進行精確的定量分析。

    第二代:實時熒光定量PCR技術(qPCR)
    傳統的PCR技術主要用于定性檢測,即判斷目標DNA序列是否存在。但在許多研究和應用中,人們需要知道目標DNA的具體數量,例如在基因表達分析、病原體檢測、基因編輯效率評估等場景。因此傳統的PCR技術通常需要在反應結束后通過電泳或其他方法來檢測和分析結果,這大大增加了實驗的復雜性和時間。為了解決這一問題,實時熒光PCR問世了。實時熒光PCR是一種革新性的DNA定量技術,其基本原理與傳統的PCR相同,都是通過熱循環(huán)引發(fā)DNA的去鏈和復制。然而,實時熒光PCR的特別之處在于,在PCR過程中,反應體系中添加了能夠發(fā)射熒光信號的熒光標記物,使得PCR的擴增過程能夠被實時監(jiān)測。

    新一代的熒光標記物如SYBR Green,其與雙鏈DNA(dsDNA)的結合能力遠超過溴化乙二胺,能產生強烈的熒光信號。這種特性不僅提升了PCR檢測的靈敏度,而且有助于縮短PCR實驗的總體周期。在PCR過程中,每當DNA分子被復制一次,SYBR Green就會與新產生的DNA分子結合,發(fā)射出熒光信號。因此,熒光信號的強度就可以直接反映出當前擴增的DNA數量。

    但SYBR Green又有新的問題,那就是無法區(qū)分不同的DNA序列。針對需要高特異性檢測的場合,研究者們開發(fā)了一系列與特定DNA序列結合的熒光探針,如雙標記探針(TaqMan探針)、分子信標、Scorpions探針和LightCycler探針等。這些探針的設計原理是,一端連接熒光染料(reporter),另一端連接猝滅劑(quencher)。在PCR反應中,這些探針會與目標DNA序列特異性結合,由于熒光染料和猝滅劑距離近,熒光會被猝滅。然而,當DNA聚合酶在延伸新的DNA鏈時,它會分解探針,使熒光染料與猝滅劑之間的距離增大,從而產生熒光信號。

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    第三代:數字熒光PCR

    數字PCR(DigitalPCR,dPCR)的發(fā)展源于對更準確、更靈敏的分子檢測方法的需求。雖然實時定量PCR(qPCR)已經廣泛應用于基因表達分析、病原體檢測等領域,但是它存在一些局限性,比如需要標準曲線進行定量,對樣本純度和PCR效率有較高的要求,而且對于罕見突變和低豐度目標分子的檢測靈敏度不夠。

    數字PCR(dPCR)是一種新型PCR技術,它通過將樣品稀釋并分配到數百到數百萬個微小的反應室中,每個反應室中包含零個或一個模板拷貝。然后在每個反應室中獨立進行PCR反應,并通過檢測每個反應室的熒光信號來確定是否存在目標分子。這種方法可以直接計算出樣品中的目標分子數量,而不需要像qPCR那樣依賴標準曲線。

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    數字PCR是一種精確且敏感的分子生物學技術,專門用于測量DNA或RNA的數量。其主要優(yōu)勢在于具有高精度和高靈敏度,能夠直接計算樣品中的目標分子數量,并對低豐度的目標分子進行高效檢測。并且數字PCR不需要依賴標準曲線或參照基因,這減少了實驗偏差,使其能夠在復雜樣本中準確地進行定量。但數字PCR也有缺點,其中包括實驗操作的復雜性、設備成本高昂,以及相對較低的樣本處理能力。

    小結

    聚合酶鏈式反應(PCR)技術自1983年發(fā)明以來,已逐漸成為生命科學研究和臨床分子診斷領域的核心技術。PCR技術的發(fā)展歷程經歷了傳統PCR、實時熒光定量PCR(qPCR)以及數字PCR(dPCR)三個重要階段,每個階段的技術突破和優(yōu)化都為DNA的檢測和分析提供了更準確、更靈敏和更高效的解決方案。

    PCR技術的發(fā)展和應用不僅深刻地改變了生命科學研究的面貌,而且在臨床診斷、環(huán)境和食品安全監(jiān)測、藥物發(fā)現以及藥物療效監(jiān)測等領域都發(fā)揮著至關重要的作用。然而,盡管PCR技術已經取得了顯著的成就,但在提升PCR技術的靈敏度、準確性和穩(wěn)定性,以及降低PCR實驗的復雜性和成本等方面,我們仍面臨著一些挑戰(zhàn)。為了應對這些挑戰(zhàn),科學家們正在進行大量的研究工作,并已經取得了一些重要的突破。我們有理由相信,隨著科技的進步,PCR技術將在未來的生命科學研究和臨床應用中發(fā)揮更大的作用,為人類社會帶來更多可能性和福祉。

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